Tras debutar en el CD Logroñés en Primera División frente al Athletic Club, Fernando Marín estuvo a punto de ir cedido en el último tramo de la Liga 1994-1995 al CD Badajoz de Segunda, que dirigía Josu Ortuondo, cuando tenía 23 años y jugaba en el filial del equipo riojano, en Segunda B. La operación se abortó porque, al final, el club no quiso desprenderse de él y ofreció, sin éxito, la cesión de Juanma a cambio.