El CD Logroñés tuvo un discreto debut en Segunda División B la temporada 1978-1979: terminó undécimo, con 38 puntos, pero cumplió el objetivo de la permanencia. Más allá de eso, la temporada estuvo marcada por una huelga de futbolistas. El 4 de marzo de 1979, no hubo fútbol. Los jugadores protestaron por sus condiciones laborales y lograron ser incluidos en la Seguridad Social, con sanidad y desempleo.

El estreno en la nueva categoría no fue bueno. El equipo había hecho dos fichajes de relumbrón (el portero Castel y Lotina), pero encadenó cuatro empates y dos derrotas, lo que obligó al presidente Cesáreo Remón a reforzar la plantilla (“escasa”, en opinión de la prensa) con Balenciaga, Juan y Tasio, de 18 años. Aun así, cerró la primera vuelta metido en zona de peligro (14º) y envuelto en un asunto muy turbio.

A principios de 1979, la prensa destapó que el entrenador Luis Aloy había falsificado la firma del presidente José Luis Lázaro en unas letras de cambio por importe de un millón de pesetas (6.010,12 euros) e, inmediatamente, fue apartado del equipo. El 12 de enero, reconoció ser el autor de la falsificación “en un momento de agobio económico”, según sus propias palabras, y dimitió, siendo sustituido por Juan Arriarán.

Su fichaje supuso un revulsivo. El Logroñés arañó un empate fuera de casa y logró dos victorias consecutivas. Empezó a posicionarse mejor en el campo, jugaba con más garra y eso se reflejó en grandes goleadas como local ante el Sestao SC (4-1), CD Pegaso (6-0) y Caudal Deportivo de Mieres (5-0), hasta quedarse “afianzado en la categoría”. Muñoz fue el ‘Pichichi’ de Segunda B, con 21 goles, e Irízar dijo adiós al fútbol.

Liga (Segunda División B): 11º, 38 puntos. 12 partidos ganados, 12 empatados y 14 perdidos. 53 goles a favor y 45 en contra. Copa del Rey: segunda eliminatoria. 1 partido ganado, 1 empatado y 2 perdidos. 9 goles a favor y 9 en contra.

Porteros: Vicente (1 partido/-2 goles) y Castel (41/-52). Defensas: Arriola (41/0), Valderrama (41/0), Pita (40/1), Maneiro (23/0), Yustes (4/0), Yustes (4/0), Ramón (9/0) y Ramón II (1/0). Centrocampistas: Irízar (3/0), Eraso (32/2), Sanz (41/2), Santolaya (2/0), Ameyugo (20/0), Hervías (2/0), Fermín (8/0), Balenciaga (32/4), Juan (17/0) y Tasio (21/2). Delanteros: Hugo (25/4), Muñoz (38/23), Tomás (30/8), Eloy (1/0), Lotina (40/13), Luis Miguel (2/0), Iglesias (7/2) y Viguera (6/0). 

Entrenadores: Luis Aloy (hasta la 16ª jornada), Ernesto Garrastachu (jornadas 17ª y 18ª) y Juan Arriarán (desde la 19ª jornada). Presidente: Cesáreo Remón.

Altas: Castel (Barcelona Atlético), Maneiro (Real Sociedad), Yustes (Logroñés Promesas), Ramón (Alavés), Ramón II (Logroñés Promesas), Ameyugo (Logroñés Promesas), Fermín (Pradejón), Balenciaga (Alavés), Juan (Sporting de Gijón B), Tasio (Tudelano), Lotina (Guernica), Luis Miguel (River Ebro), Iglesias (Recreativo de Huelva) y Viguera (San Sebatián). Bajas: Lozano (Barcelona Atlético), Iriarte (Osasuna), Sarabia (Calahorra), Gorostidi (Touring), Goñi (Calahorra), Cameros (Ejea), Alfredo (Chiclana), Bene (Jaén), Alcalá (Alcalá), Villar (Monzón) y Ubis (Logroñés Promesas).